Merytoryczną działalność Ośrodek prowadzi poprzez Sekcje specjalistyczne, stanowiące odpowiedniki organów IMO. Zadaniem Sekcji jest analizowanie spraw rozpatrywanych na sesjach organów IMO oraz przygotowanie merytorycznego stanowiska strony polskiej i wniosków wynikających z podjętych przez IMO uchwał. W skład specjalistycznych sekcji Ośrodka wchodzą osoby wyznaczone imiennie przez kierowników urzędów, instytucji i przedsiębiorstw gospodarki morskiej jako ich pełnomocnicy.
Przewodniczący sekcji jest wybierany głosami delegatów do Sekcji, a Sekretarzem jest wyznaczony pracownik Ośrodka. Obecnie w Ośrodku działają następujące Sekcje:
Bezpieczeństwa na Morzu (MSC)
Przewodniczący - adw. Aleksandra Lubowska (PRS S.A.)
Sekretarz - mgr Hanna Słąba
Prawna (LEG)
Przewodniczący - mgr Karolina Sypion-Babś (PRS S.A.)
Sekretarz - adw. Aleksandra Lubowska
Ochrony Środowiska Morskiego (MEPC)
Przewodniczący - mgr inż. Krzysztof Kołwzan (PRS S.A.)
Sekretarz - mgr Karolina Sypion-Babś
Zapobiegania i Reagowania na Zanieczyszczenia (PPR)
Przewodniczący – mgr Wojciech Wąsowski (UM w Gdyni)
Sekretarz - mgr Karolina Sypion-Babś
Przewozu Ładunków i Kontenerów (CCC)
Przewodniczący – dr hab. prof. nadzw. Marzenna Popek (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Sekretarz – adw. Aleksandra Lubowska
Bezpieczeństwa Żeglugi, Radiokomunikacji oraz Poszukiwania i Ratownictwa (NCSR)
Przewodniczący (sprawy NAV) – kpt. ż. w. prof. Ryszard Wawruch (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Wiceprzewodniczący (sprawy COMSAR) - dr inż. Karol Korcz (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Sekretarz – adw. Aleksandra Lubowska
Projektowania i Konstrukcji Statków (SDC)
Przewodniczący – dr inż. Zbigniew Szozda (AM w Szczecinie)
Sekretarz – mgr Hanna Słąba
Statkowych Systemów i Wyposażenia (SSE)
Przewodniczący – kpt. ż. w. Przemysław Lenard (Urząd Morski w Szczecinie)
Wiceprzewodniczący - inż. Michał Baran-Barański (FIRE DAM sp. z o.o.)
Sekretarz – mgr Hanna Słąba
Czynnika Ludzkiego, Szkolenia i Obowiązków Wachtowych (HTW)
Przewodniczący – prof. dr kpt. ż. w. Henryk Śniegocki (Uniwersytet Morski w Gdyni)
