Merytoryczną działalność Ośrodek prowadzi poprzez Sekcje specjalistyczne, stanowiące odpowiedniki organów IMO. Zadaniem Sekcji jest analizowanie spraw rozpatrywanych na sesjach organów IMO oraz przygotowanie merytorycznego stanowiska strony polskiej i wniosków wynikających z podjętych przez IMO uchwał. W skład specjalistycznych sekcji Ośrodka wchodzą osoby wyznaczone imiennie przez kierowników urzędów, instytucji i przedsiębiorstw gospodarki morskiej jako ich pełnomocnicy.
Przewodniczący sekcji jest wybierany głosami delegatów do Sekcji, a Sekretarzem jest wyznaczony pracownik Ośrodka. Obecnie w Ośrodku działają następujące Sekcje:
Bezpieczeństwa na Morzu (MSC)
Przewodniczący - adw. Aleksandra Lubowska (PRS)
Sekretarz - mgr Hanna Słąba (PRS)
Prawna (LEG)
Przewodniczący - mgr Karolina Sypion-Babś (PRS)
Sekretarz - adw. Aleksandra Lubowska (PRS)
Ochrony Środowiska Morskiego (MEPC)
Przewodniczący - dr inż. Krzysztof Kołwzan (PRS)
Sekretarz - mgr Karolina Sypion-Babś / mgr Beata Gałecka (PRS)
Zapobiegania i Reagowania na Zanieczyszczenia (PPR)
Przewodniczący – mgr Wojciech Wąsowski (Urząd Morski w Gdyni)
Sekretarz - mgr Karolina Sypion-Babś / mgr Beata Gałecka (PRS)
Przewozu Ładunków i Kontenerów (CCC)
Przewodniczący – dr hab. Marzenna Popek, prof. UMG (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Sekretarz – adw. Aleksandra Lubowska (PRS)
Bezpieczeństwa Żeglugi, Radiokomunikacji oraz Poszukiwania i Ratownictwa (NCSR)
Przewodniczący (sprawy NAV) – dr hab. inż. kpt. ż. w. Ryszard Wawruch, prof. UMG (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Wiceprzewodniczący (sprawy COMSAR) - dr inż. Karol Korcz (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Sekretarz – adw. Aleksandra Lubowska (PRS)
Projektowania i Konstrukcji Statków (SDC)
Przewodniczący – dr inż. Zbigniew Szozda (Akademia Morska w Szczecinie)
Sekretarz – mgr Hanna Słąba (PRS)
Statkowych Systemów i Wyposażenia (SSE)
Przewodniczący – mgr Magdalena Jabłonowska (LOTOS Petrobaltic S.A.)
Wiceprzewodniczący - inż. Michał Baran-Barański (FIRE DAM sp. z o.o.)
Sekretarz – mgr Hanna Słąba (PRS)
Czynnika Ludzkiego, Szkolenia i Obowiązków Wachtowych (HTW)
Przewodniczący – dr hab. inż. kpt. ż. w. Henryk Śniegocki, prof. UMG (PRS)
Wiceprzewodniczący - dr inż. kpt. ż. w. Przemysław Wilczyński, prof. UMG (Uniwersytet Morski w Gdyni)
Sekretarz – adw. Aleksandra Lubowska (PRS)
Implementacji Instrumentów IMO (III)
Przewodniczący – mgr inż. kpt. ż. w. Przemysław Lenard (Urząd Morski w Szczecinie)
Wiceprzewodniczący - mgr inż. kpt. ż. w. Sławomir Hołyst (Urząd Morski w Gdyni)
Sekretarz – mgr Karolina Sypion-Babś / mgr Beata Gałecka (PRS)
