Zamysł powołania polskiej instytucji klasyfikacyjnej powstał w roku 1932, w reakcji na trudności, jakie niemieckie instytucje czyniły polskiej flocie śródlądowej, przede wszystkim przewożącej towary pomiędzy portami Wolnego Miasta i Gdyni. Skutkiem tych utrudnień były kłopoty z ubezpieczaniem polskich barek i ładunków. Cztery lata później, w roku 1936 założony został Polski Rejestr Żeglugi Śródlądowej.
Przez pierwsze trzy lata, do przerwy w działalności z powodu wybuchu wojny, polska instytucja klasyfikacyjna zajmowała się nadzorem wyłącznie nad barkami i statkami towarowymi uprawiającymi żeglugę po polskich rzekach oraz przez Zatokę Gdańską. Jedyne przepisy, jakie zostały opracowane i wydane w tym czasie, nosiły tytuł „Klasyfikacja i budowa barek drewnianych i stalowych”.
Wznawiając działalność po wojnie, instytucja zmieniła nazwę na Polski Rejestr Statków, co nie było zmianą jedynie formalną – określało jej nowe zadania w związku z odzyskaniem przez Polskę 500 km wybrzeża morskiego.

Do roku 1950 PRS nadzorował jednostki żeglugi śródlądowej, przybrzeżnej i kutry rybackie, przede wszystkim ich remonty, jako że w pierwszych latach powojennych tym głównie zajmowały się polskie stocznie. W 1950 r. pod nadzór PRS trafiły pierwsze statki pełnomorskie: budowane w Stoczni Gdańskiej rudowęglowce z serii 29 małych masowców, drobnicowce o nośności 660 t, drobnicowce typu Lewant 4000 t, supertrawlery rybackie oraz holowniki.
W tym samym czasie PRS rozpoczyna nadzory nad produkcją na potrzeby przemysłu stoczniowego: stali okrętowych (od 1949 r.), wyposażenia i urządzeń okrętowych, m.in. kotłów, maszyn parowych, turbin na parę odlotową, potem wysokoprężnych silników spalinowych, a także prądnic małych i dużych mocy.

W miarę rozwoju krajowego przemysłu okrętowego, a co za tym idzie budową w polskich stoczniach coraz większej liczby coraz bardziej skomplikowanych statków, rośnie zakres i skala działania PRS. Niemniej aż do lat 1956-57, tj. do podpisania umów o współpracy i wzajemnym zastępstwie pomiędzy PRS a Det Norske Veritas i Rejestrem ZSRR, PRS sprawuje nadzór wyłącznie nad jednostkami pływającymi pod biało-czerwoną banderą lub budowanymi w polskich stoczniach dla polskich armatorów.
Stopniowemu wychodzeniu PRS w świat, jakie nastąpiło w wyniku podpisania pierwszych umów, towarzyszą również zmiany jakościowe w działalności towarzystwa. Rozszerzający się zakres działania, a także nawiązanie bliższej współpracy z mającymi bogatsze doświadczenie towarzystwami klasyfikacyjnymi pozwalają PRS m.in. podjąć prace nad stworzeniem własnych przepisów budowy i klasyfikacji statków morskich. Pierwsze części przepisów ukazują się już na początku lat sześćdziesiątych; odtąd przepisy będą nieustannie modernizowane i rozwijane.
Istotny wpływ na powstanie i rozwój własnych przepisów miało przystąpienie PRS w 1962 r. do organizacji zrzeszającej towarzystwa klasyfikacyjne państw członkowskich RWPG, noszącej nazwę Instytucje Nadzoru Technicznego i Klasyfikacji (INTK).

Z początkiem lat 60. XX w. rozpoczyna się „złoty wiek” polskiej gospodarki morskiej, który trwa do połowy lat 70. Dekada lat 60. to dla PRS czas intensywnego rozwoju, w jego działalności następuje ilościowy i jakościowy skok. W samych tylko stoczniach Gdańska i Gdyni PRS nadzoruje rocznie po 25-27 budów statków na swoją klasę. Pod nadzorem PRS budowane są też statki w innych stoczniach morskich oraz w stoczniach rzecznych.

W 1961 r. rozpoczęło się w Polsce porządkowanie i ustalanie przepisów prawnych dotyczących żeglugi morskiej. 1 grudnia 1961 uchwalona została ustawa Kodeks Morski. Po wejściu w życie Kodeksu w 1962 r. wydano do niego liczne akty wykonawcze. Zagadnienie bezpieczeństwa statków morskich regulowało rozporządzenie Ministra Żeglugi z 26 marca 1964 r., w którym za przepisy technicznego bezpieczeństwa obowiązujące w odniesieniu do polskich statków morskich uznane zostały przepisy PRS, co de facto oznaczało podniesienie ich do rangi przepisów państwowych. PRS zyskał status narodowej instytucji klasyfikacyjnej, nadzór nad polską flotą morską i śródlądową został mu powierzony niemal w całości.

W 1970 r. PRS został przyjęty do Międzynarodowego Stowarzyszenia Towarzystw Klasyfikacyjnych (IACS). Dzięki temu w roku 1971 PRS został wpisany do klauzuli ubezpieczeniowej Ubezpieczycieli Londyńskich, to zaś oznaczało stosowanie wobec statków z klasą PRS oraz przewożonych na nich towarów najkorzystniejszych stawek ubezpieczeniowych. Członkostwo w IACS oznaczało także włączenie PRS w prace naukowo-badawcze prowadzone przez instytucje stowarzyszone, dostęp do ich aktualnych wyników, bezpośrednie poznawanie stosowanej na świecie metodologii postępowania nadzorczego. Członkostwo w IACS oraz włączenie się PRS w działalność różnych innych organizacji międzynarodowych, takich m.in. jak CIMAC (International Council on Combustion Engines), ISO (International Organization for Standardization), IEC (International Electrotechnical Commission), IIW (International Institute of Welding), ISSC (International Ship and Offshore Structures Congress) nadało rozwojowi PRS dużego przyspieszenia. Przyczyniło się też do jego „wyjścia w świat”, czego przejawem był m.in. wzrost udziału statków obcych bander w tonażu nadzorowanym przez PRS oraz uruchamianie zagranicznych placówek i przedstawicielstw PRS, m.in. w Kopenhadze, Antwerpii, Nowym Jorku.
Zakres działalności PRS rozszerza się w latach 70. na kolejne dziedziny: budowę i eksploatację kontenerów, jednostek wiertniczych i obiektów zanurzalnych, nadzór nad jachtami.

Szybki rozwój budownictwa okrętowego i żeglugi na świecie trwał do 1975 r., potem uległ zahamowaniu. W 1979 r. tonaż wodowanych na świecie statków był 3-krotnie mniejszy niż w szczytowym roku 1975. Z początkiem lat 80. produkcja statków wzrosła, wykazywała jednak znaczne wahania. Poprawa koniunktury uwidoczniła się dopiero w latach 90.
Sytuacja w polskim budownictwie okrętowym i żegludze zmieniała się podobnie jak na świecie, przy czym na ogólnoświatowy regres nałożył się pogłębiający się chaos w gospodarce polskiej, jaki rozpoczął się w połowie lat siedemdziesiątych. Pogarszająca się sytuacja w okrętownictwie, jak i całym polskim przemyśle, kurczenie się floty pod biało-czerwoną banderą nie mogły pozostać bez wpływu na sytuację PRS, który do końca lat 80. prowadził działalność nadzorczą nad budową i eksploatacją statków niemal wyłącznie polskich armatorów. Aby utrzymać działalność na wcześniejszym poziomie ilościowym i umożliwić rozwój instytucji, należało objąć nadzorem klasyfikacyjnym więcej niż dotąd statków armatorów zagranicznych oraz rozszerzyć zakres działania o nowe dziedziny.

W latach dziewięćdziesiątych ub. wieku PRS rozpoczął również ścisłą współpracę z polską Marynarką Wojenną. Prowadzony był nadzór nad budową okrętów wojennych, opracowane zostały przepisy klasyfikacji i budowy okrętów wojennych.

Na początku 1994 r. PRS uzyskał certyfikat jakości IACS, a w roku 1997 certyfikat jakości Polskiego Centrum Badań i Certyfikacji (PCBC). Wkrótce potem sam zajął się certyfikacją systemów zarządzania jakością innych organizacji. Od roku 1994 PRS zajmuje się certyfikacją wdrażanych w przedsiębiorstwach systemów zarządzania jakością, ochroną środowiska i bezpieczeństwem pracy. Posiadana przez PRS akredytacja Polskiego Centrum Badań i Certyfikacji, a obecnie Polskiego Centrum Akredytacji (PCA) obejmuje kilkadziesiąt branż. Z usług PRS w tej dziedzinie skorzystało wiele czołowych, dużych polskich instytucji, urzędów (np. urzędy wojewódzkie i miejskie) oraz firm, między innymi największe stocznie remontowe w Gdyni, Gdańsku, Szczecinie i Świnoujściu. Z biegiem lat zakres certyfikacji systemów zarządzania był rozszerzany, rosła też liczba certyfikowanych przez PRS organizacji. Na koniec roku 1995 wynosiła ona 14, po 10 latach wzrosła do ponad 1500.
PRS prowadzi też certyfikację wyrobów na zgodność z dyrektywami unijnymi. Jest jednostką certyfikującą wyroby akredytowaną przez Polskie Centrum Akredytacji. Posiada certyfikat akredytacji Nr AC 114, potwierdzający spełnienie wymagań normy PN-EN 45011:2000 (EN 45011:1998, IDT), na podstawie której ma prawo prowadzić certyfikację wyrobów w zakresie określonym w akredytacji, uzyskał notyfikację rządu Rzeczypospolitej Polskiej w Komisji Europejskiej do prowadzenia procedur oceny zgodności z dyrektywami nowego i globalnego podejścia oraz prowadzi dobrowolną ocenę i certyfikację wyrobów. Obecnie PRS jest jednostką notyfikowaną dla prowadzenia procedur oceny zgodności i certyfikacji wyrobów na zgodność z siedmioma dyrektywami, przeprowadza też procesy związane z certyfikacją na zgodność z wymaganiami norm zharmonizowanych spełniających wymagania dyrektywy tzw. maszynowej.

PRS jest jedną z nielicznych polskich instytucji, których działalność regulowana jest ustawą. Ustawa, przyjęta przez Sejm w październiku 2000 r., stanowi, że Polski Rejestr Statków S.A. jest instytucją klasyfikacyjną, której działalność ma charakter użyteczności publicznej. Ustawa oznacza stabilne umocowanie naszej instytucji w systemie prawnym RP.


Ważnymi wydarzeniami w najnowszej historii PRS było uznanie go w roku 2006 przez Unię Europejską na zgodność z wymaganiami dyrektywy 94/57/WE z 22 listopada 1994 roku w sprawie wspólnych reguł i norm dotyczących inspekcji i przeglądów na statkach oraz powtórne przyjęcie w czerwcu 2011 r. do IACS – Międzynarodowego Stowarzyszenia Towarzystw Klasyfikacyjnych. Od 2009 r. uznanie Wspólnoty jest pełne, obejmuje statki wszystkich typów i wielkości podlegające postanowieniom międzynarodowych konwencji, uprawiające każdy rodzaj żeglugi.

W dniu 2 lutego 2012 r. Komisja Europejska wydała decyzję 2012/66/UE o uznaniu PRS jako instytucji klasyfikacyjnej w odniesieniu do statków żeglugi śródlądowej, stwierdzając spełnienie przez PRS kryteriów określonych w dyrektywie 2006/87/WE. PRS może działać jako organizacja uznana w odniesieniu do jednostek pływających po wszystkich wspólnotowych śródlądowych drogach wodnych.
Decyzja Komisji o uznaniu PRS skierowana została do państw członkowskich UE posiadających śródlądowe drogi wodne.
Uznanie oznacza, że czynności techniczne wykonywane przez PRS i wystawiana przez nas dokumentacja mogą stanowić dla administracji państwowej podstawę do uznania, że statek spełnia wymagania dyrektywy 2006/87/WE oraz do wydania wspólnotowych świadectw zdolności żeglugowej i świadectw pomiarowych.

Podstawą działalności towarzystwa klasyfikacyjnego, a zarazem narzędziem służącym zapewnieniu bezpieczeństwa na morzu są przepisy, zawierające wymagania techniczne dotyczące budowy i eksploatacji statków. Fundamentalna rola przepisów implikuje konieczność nieustannego ich rozwijania, to zaś wiąże się m.in. z potrzebą podejmowania prac naukowo-badawczych nad problemami technicznymi. Polski Rejestr Statków prowadzi prace badawcze siłami własnymi, współpracuje również z polskimi uczelniami technicznymi i morskimi, placówkami naukowo-badawczymi, stoczniami, biurami projektowymi. Szczególnie szeroka i owocna współpraca łączy od wielu lat PRS z Wydziałem Oceanotechniki i Okrętownictwa Politechniki Gdańskiej, Centrum Techniki Okrętowej w Gdańsku, Instytutem Spawalnictwa w Gliwicach oraz Akademią Marynarki Wojennej w Gdyni. PRS współpracuje również z Akademią Morską w Gdyni i w Szczecinie oraz z Politechniką Szczecińską.
PRS zaangażował się w proces opracowywania przez IMO standardów bezpieczeństwa konstrukcji statków, aktywnie uczestniczy w pracach Komitetu Bezpieczeństwa na Morzu (MSC) IMO, proponując nowe podejście i sposoby rozwiązania problemu bezpieczeństwa konstrukcji.

PRS pełni ważną i szczególną rolę w polskiej gospodarce morskiej: wpływa nie tylko w sposób bezpośredni na zapewnienie technicznego bezpieczeństwa statków, ale będąc pomostem między nauką a przemysłem, integruje środowisko. Ta specyficzna i zarazem wiodąca rola PRS w polskiej gospodarce morskiej uznana została już w roku 1968, kiedy to ówczesny Minister Żeglugi powierzył Polskiemu Rejestrowi Statków prowadzenie spraw związanych z członkostwem Polski w IMO. W strukturę PRS włączony został, działający do dziś, Ośrodek ds. IMO – krajowy sekretariat koordynujący wszelkie działania wynikające z naszego członkostwa w tej najważniejszej światowej organizacji morskiej.
Chociaż działalność PRS obejmuje obecnie wiele różnych dziedzin, to w jej centrum nadal pozostaje służba na rzecz zapewnienia bezpieczeństwa żeglugi oraz ochrony środowiska morskiego.